無菌室應保持清潔整齊，室內僅存放必須的檢驗用具如酒精燈、酒精棉、打火機、鑷子、接種環、剪刀及玻璃筆等。嚴禁堆放雜物，以防污染。無菌室應備有工作濃度的消毒液 ，如 5％的甲酚溶液，75％的酒精，0.1％的新潔爾滅溶液等等。需要帶入無菌室使用的儀器、藥品、玻璃器皿等一切物品，均應包扎嚴密或應經適宜的方法自凈。如培養皿、吸管用不銹鋼簡裝好在160℃-170℃的干燥箱中自凈 1h~2h；生理鹽水用高壓自凈器于121℃自凈20分鐘等。無菌室使用前必須打開無菌室和緩沖間的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開凈化風機進行換氣。 在紫外燈關閉后半小時方可進入無菌室進行工作。在樣品檢驗完畢后，應及時清理剩余樣品和各種藥品及玻璃器皿，安全退出后再打開所有紫外燈輻照自凈30分鐘。

    無菌室一般是在微生物實驗室內專辟的一個小房間，面積不宜過大，約4m2~5m2，高2.5m左右即可。無菌室外要設一個緩沖間、凈化風淋間及更衣間。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備必須有空氣過濾裝置。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面lm。無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污垢，便于清潔。工作臺的臺面必須處于水平狀態。工作人員進入無菌室應在更衣室穿戴好自凈的衣、帽、鞋，經過凈化風淋室，再到緩沖間，然后進入無菌室進行檢驗工作。