萬級無菌室一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間，可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大，約4—5平方米即可，高2.5米左右。萬級無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。萬級無菌室和緩沖間都必須密閉，室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。大氣塵是無菌室要直接處理的對象，在潔凈技術中常用的是以≥0.5μm的微粒數量為準的計數濃度，以干凈的同溫層(距地表10km)來說，這樣的微粒約有20粒/L，很干凈的海面上空約有2600粒/L。陸地上計數濃度差別，同一地區不同時間差別也很大，我國大氣計數濃度可粗分為“工業城市”、“城市郊外”、“非工業區或農村”，其≥0.5μm的微粒濃度分別為1×106粒/L，2×105粒/L和3×105粒/L。

  大氣菌的濃度，大氣塵的污染屬于無生命微粒的污染，而大氣菌的污染屬于有生命微粒的污染。微生物包括，病毒、立克次體、細菌、菌類、原生蟲類。但和潔凈室有關的主要是細菌和菌類。但是細菌不能單獨生存。一般都附著在塵粒上面，所以有意義的大小是其等價直徑，一群帶菌微粒通過過濾器時，細菌的過濾效率和某粒徑的微粒的效率一樣，則這一粒徑就是這群帶菌微粒的等價直徑。內部污染發塵量，無菌室內的發塵量，來自設備的可考慮通過局部排風排除，不流入潔凈室內;產品、材料等在搬運過程中的發塵量與人體發塵量相比，一般較小，可忽略。由于目前潔凈室內裝飾采用較好的金屬壁板，來自建筑物表面發塵量也很少，一般占10%以下，發塵主要來自人，占90%左右。